Każdorazowo niezbędne jest przechowywanie oraz przygotowanie preparatu ściśle według zaleceń producenta. Zasadą powinno być stosownie najniższych zalecanych w odniesieniu do danego obszaru dawek toksyny, jak i przestrzegania co najmniej 12- tygodniowych okresów przerw pomiędzy kolejnymi iniekcjami. Niezbędne jest badanie wstępne pacjenta, pełna diagnostyka i kwalifikacja do leczenia botuliną. Niepowodzenia leczenia spowodowane są podaniem zbyt małej dawki toksyny lub podaniem jej w niewłaściwym punkcie. Brak efektu terapeutycznego spowodowane być może brakiem wrażliwości wrodzonej lub nabytej na BTX.
Niedogodnością leczenia botuliną jest nietrwałość efektu terapeutycznego. BTX musi być podawane zwykle co 3 miesiące, niekiedy czas działania leczniczego znacznie wydłuża się, ale niekiedy osiąga się poprawę trwałą.
Zaletą leczenia BTX jest łatwość opanowania nieskomplikowanej techniki podawania toksyny. Leczenie nie wymaga drogiego oprzyrządowania, najczęściej u dorosłych nie wymaga znieczulenia, jest stosowane w warunkach ambulatoryjnych. Jest terapią bezpieczną, zwykle nie daje powikłań ogólnych, bowiem rozpiętość pomiędzy dawką leczniczą a letalną jest bardzo duża. Leczenie BTX zastępuje w niektórych przypadkach leczenie dotychczas nieskuteczne. Jest leczeniem alternatywnym leczenia operacyjnego, nie pozostawia blizn, nie narusza struktur anatomicznych przy osiągniętym efekcie czynnościowym. Zaletą jest także możliwość powtórzenia iniekcji BTX, aż do uzyskania poprawy trwałej lub utrzymującej się przez długi okres czasu. Ponowne wstrzyknięcie wymaga często dawki mniejszej niż dawka początkowa.
Bardzo rzadko obserwowane są zdarzenia niepożądane podejrzewane o związek z rozprzestrzenianiem się toksyny botulinowej. Stosunek korzyści do ryzyka jest akceptowalny w obecnie zarejestrowanych wskazaniach. W celu ograniczenia do minimum ryzyka ciężkich reakcji konieczne jest ścisłe przestrzeganie dawkowania, środków ostrożności i ostrzeżeń zawartych w Charakterystyce Produktu Leczniczego każdego typu BTX.